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2025年05月18日
國際刊號:ISSN1004-3799 國內(nèi)刊號:CN14-1155/G2 郵發(fā)代號:22-101

一個挑戰(zhàn)學術(shù)權(quán)威“指路牌”的樣本

2020-05-26 15:20:30 來源:中國青年報

原標題:中國科學家提出決定細菌大小的全新公式 一個挑戰(zhàn)學術(shù)權(quán)威“指路牌”的樣本

前不久,一則中國科學家挑戰(zhàn)兩大法則提出全新公式的消息,,在微生物圈泛起波瀾,,引發(fā)關(guān)注。

這是中國科學院深圳先進技術(shù)研究院,、深圳合成生物學創(chuàng)新研究院研究員劉陳立帶領(lǐng)科研團隊,,歷時多年以大腸桿菌為模式生物,揭秘細菌大小的決定因素,推導出全新的個體生長分裂方程,,修正了該領(lǐng)域原有的兩大生長法則,。

今年5月,這一成果的學術(shù)論文已由國際學術(shù)期刊《自然·微生物學》發(fā)表,,其中提到,,該成果給合成生物學領(lǐng)域生命體理性設(shè)計提供了建構(gòu)基礎(chǔ)原理。那么,,這一成果究竟有多大意義,,科研團隊在挑戰(zhàn)傳統(tǒng)法則的過程中又經(jīng)歷了什么,記者采訪了劉陳立團隊,。

傳統(tǒng)法則

細菌,,是自然界分布最廣、個體數(shù)量最多的單細胞生命體,。從發(fā)酵酸奶的乳酸菌,,到生產(chǎn)胰島素的大腸桿菌,可以說,,細菌充斥于人類生活和科學研究的方方面面,。

當然,如同人類肉眼可見的其他生物一樣,,細菌也是有大有小的,。

劉陳立告訴記者,每種細菌有著各式各樣的可遺傳繼承的大小,,這些微小細胞的體積有時可以相差百萬千萬倍:從0.3微米長的專性胞內(nèi)病源菌支原體,,到600微米長的刺尾鯛腸道內(nèi)共生菌費氏刺骨魚菌,再到生長在納米比亞海邊肉眼可見的1毫米長的納米比亞嗜硫珠菌,。

當然,,較大的細菌是極少數(shù)的,大多數(shù)已知細菌的直徑在0.4-2微米之間,,長度在0.5-5微米之間,。劉陳立說,長期以來,,細菌的大小,,一直是細菌分類學中一個不可缺少的性狀,同時特定的大小使得細菌更能適應其生存環(huán)境,。

過去100年來,,生物學家一直想知道,究竟是什么決定了細胞的大小,。在近代,,雖然科學家知道了大部分控制細菌細胞周期和細胞分裂的分子,,但人們?nèi)匀徊恢兰毦毎拇笮∈侨绾未_定的。

上世紀50年代,,美國科學家發(fā)現(xiàn)“細菌細胞長得越快,,細胞就越大”。更為重要的是,,這一研究突破性地用一個數(shù)學公式,描述了細菌細胞生長速度和細胞大小之間的定量關(guān)系,。

簡單來說,,只要知道細胞生長的快慢,就可以準確推斷出細胞的大小,,反之亦然,。這一公式后被稱為“SMK生長法則”。

那么,,細胞大小和生長速度之間,,為什么會存在這樣的關(guān)系?

1968年,,另一位科學家在《自然》雜志上發(fā)表了他的觀點,。這位科學家認為,細胞的大小,,決定了細胞內(nèi)DNA何時開始新一輪復制,。當細胞進入復制階段時,細胞大小和復制起點數(shù)的比值是恒定不變的,。

后來,,這一比值被學界稱為“起始質(zhì)量”。劉陳立說,,由于細胞是指數(shù)生長,,“起始質(zhì)量”及時間周期恒定,因此分裂時細胞的大小,,和生長速率的指數(shù)次方成正比,。

這一觀點很好地契合了“SMK生長法則”,回答了“細菌大小是怎么決定的”這一基礎(chǔ)科學問題,,被稱為“恒定起始質(zhì)量假說”,。

此后,這兩個統(tǒng)治了學術(shù)界半個世紀的生長法則環(huán)環(huán)相扣,,就像科研道路上的“指路牌”一樣,,在這一領(lǐng)域樹立權(quán)威60多年,多年來許許多多的研究,,在兩大法則的指引下開展,。

一測三年

當然,在過去半個多世紀里,有一些研究團隊曾對這兩個法則的準確性提出質(zhì)疑,,但由于缺乏系統(tǒng)全面的實驗數(shù)據(jù),,相關(guān)結(jié)論并未引起領(lǐng)域內(nèi)大部分研究人員的重視。

“要想修正主流細胞生長法則,,必須要確保實驗數(shù)據(jù)完整的覆蓋度,,以及高度的可重復性?!眲㈥惲⒄f,。

他帶領(lǐng)團隊潛心3年多研究,對兩大法則進行了系統(tǒng)性重復實驗,。

據(jù)此次成果論文的第一作者,、中國科學院深圳先進技術(shù)研究院鄭海博士介紹,通常情況下,,此類研究會選取1種或少數(shù)幾種培養(yǎng)基,,而他們選擇了超過30種的培養(yǎng)基開展實驗。

“我們采用早晚輪班制,,對細胞的生長狀態(tài)進行實時監(jiān)控,,以確保每次取樣都是在細胞穩(wěn)定狀態(tài)下進行?!编嵑8嬖V記者,,在低生長速率條件下,完成一次實驗所需時間長達一周,,而為確保數(shù)據(jù)可靠,,實驗還需要重復,重復次數(shù)多的超過9次,。

也因此,,這次實驗成了迄今為止類似研究工作中,選用培養(yǎng)基種類最多,、覆蓋生長速率范圍最廣的一次,。

鄭海說,帶著極大的耐心和嚴謹?shù)膽B(tài)度,,科研團隊最終發(fā)現(xiàn),,原有的兩大法則并不準確,被奉為經(jīng)典的“指路牌”,,可能將相關(guān)領(lǐng)域的研究引向了“偏離的方向”,。

“雖然生長速度越快,細胞越大,,但二者之間的關(guān)系,,并不符合SMK生長法則的預期,。”劉陳立說,。

按照法則描述,,無論細胞生長快慢,一旦達到“起始質(zhì)量”,,就應該開始新一輪的DNA復制,,然而,劉陳立團隊卻在實驗中觀察到,,細菌細胞沒有遵循假說,,不同培養(yǎng)條件下,“起始質(zhì)量”有高有低,。

“如果兩大法則并不準確,那么細菌的大小又是由什么來決定的呢,?”

“我們能否修正‘指路牌’呢,?”

帶著這些疑問,劉陳立團隊一測就是3年,。

新方程出爐

“要和數(shù)據(jù)待在一起,,揣摩它?!边@是劉陳立向團隊成員提的要求,。

這句話,也可以用來描述大量科研實驗數(shù)據(jù)背后的量化關(guān)系,,科研團隊在實驗數(shù)據(jù)分析的過程中,,最終推演出一個全新且適用于不同生長速率條件的“個體生長分裂方程”。

劉陳立說,,這個新方程,,統(tǒng)一了不同生長速率條件下的細菌細胞周期調(diào)控機制,這一定量公式的提出,,也使得細菌個體大小,、生長速率等自然現(xiàn)象,具有了一定的可預測性,。

比如說,,一旦得知細菌生長速率和DNA復制周期,科學家便可根據(jù)公式,,準確預測出細菌的大小,。

“分裂方程為研究人員提供新的研究范式和思維方法,解答了細菌細胞大小和DNA復制周期以及生長速度之間的關(guān)系,,并具有廣泛的應用價值,?!眲㈥惲⒄f。

至此,,科研團隊的探索并未停止,。

這個新方程,對理解細菌細胞周期的控制機制又有什么意義,?在“個體生長方程”的約束下,,科研團隊對細菌細胞分裂的控制機制進行了探討,并提出一個全新的分子機制假說——存在一種“分裂許可物”,,它與“細胞生長”和“染色體復制分離”相關(guān),。當它積累達到一定閾值時,細胞就會分裂,。

在此基礎(chǔ)上,,劉陳立團隊建立了相應的數(shù)學模型,進一步的實驗,,確實驗證了理論預測,。

對于人類社會,很難說,,一個新方程的出爐,,究竟意味著什么。

在物理世界,,“伯努利方程”指導了飛機的設(shè)計,,“阿基米德浮力定律”推動了潛艇的面世,“牛頓第二定律”則是人類得以翱翔太空的理論基石,。

那么,,合成生物學領(lǐng)域的方程呢?

劉陳立告訴記者,,合成生物學的終極目標,,就是在生物世界實現(xiàn)理性設(shè)計、改造形式或者創(chuàng)造形式,,以滿足人類不同的需求,。

如今這個研究成果,再次證實了定量的思維方法在生命科學研究中的重要性,。劉陳立說:“我們找到的每一個運行規(guī)律,,都是試圖找到可用于指導設(shè)計、改造,、重建生命形式的‘圖紙’,。”

在他看來,,此次對細菌個體細胞相關(guān)定量規(guī)律和法則的基礎(chǔ)科學問題研究,,對人類揭示并理解生命體內(nèi)在原理提供了重要的參考依據(jù),,這次研究也有助于未來合成生物學領(lǐng)域的理性設(shè)計和建構(gòu),以滿足抗生素替代等更多“讓人腦洞大開”的應用需要,。


【編輯:關(guān)俊龍】